Smrt Lažnog Dmitrija nije zaustavila Nevolje. Građanski rat se nastavio, pokrivajući nove zemlje, pojavili su se novi prevaranti. U prvom mjesecu svoje vladavine Vasilij Šujski morao je suzbiti nekoliko pokušaja nastupa moskovskih gradskih nižih klasa. U Moskvi su se bojali da će poljski kralj Sigismund započeti rat za svrgavanje varalice i premlaćivanje Poljaka. Stoga su od nekoliko tisuća poljskih gostiju i plaćenika Lažnog Dmitrija koji su preživjeli svibanjski ustanak u Moskvi oslobođeni samo pučani, a plemeniti ljudi ostavljeni su kao taoci, dobro održavani i pod nadzorom raspoređeni po različitim gradovima. Shuisky je prekršio diplomatski bonton i čak je pritvorio poljsko veleposlanstvo Gonsevskog u Moskvi.
Međutim, ti su strahovi bili uzaludni. Poljska je sama imala teških trenutaka. Poljaci su započeli rat sa Švedskom i oduzeli joj grad Pernov (Pärnu) u Livoniji. Osim toga, zaporoški kozaci, predvođeni hetmanom Sagaidačnim, izveli su niz uspješnih napada i opljačkali Kafu i Varnu. To je razbjesnilo Osmanlije i objavili su rat Commonwealtha. Istina, glavne snage turske vojske bile su povezane s ratom s Perzijom, a pomoćne trupe poslane su protiv Poljske, a Poljaci su odbili napad. U samoj Poljskoj neki su magnati nezadovoljni kraljevom politikom podigli bunu. Zemlju je zahvatio građanski rat. Stoga Poljaci nisu imali vremena za Moskvu.
Tako je Moskva previdjela ozbiljniju prijetnju - unutarnju. Uostalom, problemi koji su uzrokovali nevolje nisu riješeni. Vanjska prijetnja imala je važnu, ali ne i glavnu ulogu. Provincija je bila ogorčena: Bojarska duma izabrala je cara bez potrebne podrške svih zemalja. Pokazalo se da su boljari ubili "dobrog cara" i zauzeli vlast, predavši prijestolje "bojarskom caru". Provincija je ključala: pojam za traženje bjegunaca povećan je na 15 godina; vojnici su se sjetili velikodušnih nagrada Lažnog Dmitrija; stanovnici juga bojali su se odmazde i terora (kao pod Godunovim) zbog pomoći varalici; zabrinut za Kozake, koji su aktivno podržavali lažljivca; Shuisky se riješio pristaša Lažnog Dmitrija, otprativši ih iz glavnog grada, mnogi su poslati u južne pogranične krajeve.
U ljeto 1606. spontani su ustanci zahvatili cijeli jug zemlje, koji su uzburkali glasine o "spasenju dobrog cara Dmitrija". Središte borbe protiv novog kralja u Sjevernoj zemlji bio je "glavni grad" prvog varalice - Putivl. Ovdje su pobunjeni građani, seljaci, za "velikog zapovjednika" izabrali Ivana Bolotnikova, koji im je došao s odredom. Ivan Bolotnikov, prema najraširenijoj verziji, bio je kmet kneza Telyatevskog. U mladosti je bježao od gospodara u stepu kod Kozaka, ovdje su ga uhvatili Tatari i prodali Turcima u ropstvo. Nekoliko je godina proveo u ropstvu, na galijama kao veslač. Nakon neuspješne pomorske bitke s kršćanskim brodovima za Turke, pušten je i uputio se u Veneciju, gdje je živio u njemačkom trgovačkom naselju. Odavde se, nakon što je čuo priče o početku nevolja u ruskoj državi, Bolotnikov preselio kroz Njemačku i Poljsku u Rusiju. Glasine o "čudesnom spasenju" moskovskog cara Dmitrija odvukle su Ivana u Sambor, gdje se sa svojom suprugom Jurijem Mnišekom Jadvigom skrivao moskovski bjegunac Mihail Molčanov, bivši saveznik Lažnog Dmitrija I. Molčanova, te se predstavio kao kralj. Ovaj pustolov predstavio se Bolotnikovu kao car koji je pobjegao nakon svibnja državnog udara u Moskvi. Novi varalica dugo je razgovarao s Bolotnikovim, a zatim mu dostavio pismo knezu Grigoriju Šahovskom i poslao ga u Putivl kao svog osobnog izaslanika i "velikog vojvodu".
Zapravo, građanski rat je ušao u aktivnu fazu. Bolotnikovljeva vojska uključivala je glavne posjede i društvene skupine ruske države: seljake i robove, kocke Seversk, Terek, Volgu i Zaporožje, predstavnike plemstva. Osim toga, ustanak su podržali predstavnici aristokracije, među njima knez Grigorij Šahovski i černigovski vojvoda Andrej Telyatevsky, bivši vlasnik Bolotnikova.
U ljeto 1606. 30 tisuća. Bolotnikova vojska krenula je prema Moskvi. Zauzete su tvrđave Kromy i Yelets, čiji je bogati arsenal napunio rezerve pobunjenika. Vladine trupe pod zapovjedništvom namjesnika knezova Vorotynskog i Trubetskoja poražene su kod Kromyja i Yeletsa. Mnogi vojnici iz carskih trupa prešli su na stranu pobunjenika. Iskorištavajući greške carskih namjesnika, pobunjenici su brzo napredovali prema Moskvi. Sve više odreda pobunjenih seljaka slijevalo se u vojsku Bolotnikova. Štoviše, na putu za Moskvu, veliki odredi službenih velikaša pridružili su se Bolotnikovu, koji se suprotstavio bojarskom caru Šujskom. Viši guverner Rjazanije Prokopy Lyapunov i mlađi - Grigorij Sumbulov, vodili su rjazansku miliciju, streljačkog centuriona Istoma Paškova - veliki odred službenika. Tula, Kashira, Kaluga, Mozhaisk, Vyazma, Vladimir i Astrakhan su se pobunili. Na Volgi su se pobunili Mordovci i Mari (Cheremis) koji su opsjedali Nižnji Novgorod.
Pobunjenici na putu za Moskvu približili su se Kolomni. U listopadu 1606. napadnut je Posad Kolomna, no Kremlj se nastavio opirati. Ostavivši manji dio svojih snaga u Kolomni, Bolotnikov je krenuo kolomnskom cestom prema Moskvi. U selu Troitskoye, okrug Kolomensky, uspio je poraziti vladine trupe. Bolotnikova je vojska 22. listopada bila stacionirana u selu Kolomenskoye kraj Moskve. Ovdje je sagradio zatvor (tvrđavu) i počeo slati pisma u Moskvu i razne gradove, pozivajući da podrži zakonitog suverena Dmitrija Ivanoviča i pobuđuje siromašne i siromašne protiv bogatih. „Svi vi, božanski robovi, tucite svoje bojare, uzmite njihove žene i svu njihovu imovinu, posjede i posjede! Bit ćete plemeniti ljudi, a vi, koji ste zvali špijunima i bezimenima, ubijate goste i trgovce, dijelite trbuhe među sobom! Vi ste bili posljednji - sada ćete primati bojare, lukavstvo, vojvodstvo! Poljubi sav križ zakonitom suverenu Dmitriju Ivanoviču! Stoga su put Bolotnikovljevih postrojbi pratili strašni pogromi, ljudi su na teror odgovarali užasom, borili se kao da su stranci u blizini (carske trupe na teritorijima zahvaćenim ustancima djelovale su na sličan način).
Bolotnikova milicija nastavila je rasti, odvojeni odredi, uglavnom od robova, koji su svojim upadima i pljačkama držali glavni grad u opsadnom stanju, isticali se od njega. U studenom su se Bozatnikovu pridružili kozaci Ilejke Muromets. Bio je još jedan varalica, predstavljajući se kao carević Petar Fjodorovič, koji u stvarnosti nikada nije postojao kao sin cara Fjodora I. Ivanoviča. Moskovljani su već bili spremni poslušati Bolotnikova, tražeći samo da im pokažu carevića Dmitrija, pa su čak i započeli pregovore s njim. Oduševljeni Bolotnikov poslao je glasnike u Putivl. Kao, neka "car" prije dođe, pobjeda je blizu. No, Dmitrij se nikad nije pojavio. Mnogi su počeli izražavati sumnje u postojanje Dmitrija i prešli na stranu Shuiskyja.
U međuvremenu, Shuisky nije mirno sjedio i aktivno se pripremao za protunapad. Predgrađa i naselja Moskve bila su utvrđena. Trupe namjesnika Skopin-Shuisky, Golitsyn i Tatev smjestile su se na Serpuhovska vrata, odakle su promatrale neprijateljski tabor. Uspostavljena je komunikacija između Moskve i okolnih gradova, trupe su čuvale ceste. U studenom je iz Tvera i Smolenska stiglo pojačanje koje su uvelike činili plemići i mještani. U isto vrijeme, Shuisky se aktivno pregovarao s plemenitim dijelom pobunjeničkog tabora. Ljapunovi i Paškov mrzili su Shuiskyja, ali su se bojali pobune "gomile".
Bolotnikova je vojska narasla na 100 tisuća ljudi (njegove su postrojbe djelovale na ogromnom teritoriju), ali su njegove borbene kvalitete pale. Među pobunjenicima bilo je mnogo robova, skitnica, seljaka koji nisu imali borbenog iskustva, bili su slabo naoružani i organizirani. Kozaci i plemići - dva borbena jezgra vojske, bili su prezreni. Međutim, i oni su se međusobno suprotstavljali. Kao rezultat toga, u vojsci Bolotnikova dogodio se raskol: jedan logor činili su plemići i bojarska djeca, a drugi - robovi, kozaci i drugi ljudi. Potonji su za vođe imali Ivana Bolotnikova, prvi - Istomu Paškova i braću Ljapunov. Do neslaganja je došlo između vođa, pa su prvo Lyapunovi, a zatim i Istoma Paškov prešli na stranu Šujskog. Shuisky je u međuvremenu temeljito utvrdio Moskvu, oformivši novu vojsku od milicija drugih gradova. Osim toga, Shuisky je namamio mnoge plemiće iz tabora Bolotnikov, obećavajući im nagradu i činove.
Vidjevši da se situacija pogoršava i snage Šujskog rastu, Bolotnikov je odlučio napasti. 26. studenog pokušao je zauzeti samostan Simonov, ali su ga porazile carske trupe pod zapovjedništvom mladog i talentiranog zapovjednika, nećaka cara Mihaila Skopina-Šujskog. U odlučujućem trenutku bitke veliki plemićki odred Paškova napustio je kamp pobunjenika, što je odlučilo ishod bitke u korist carske vojske. Bolotnikovljeve trupe bile su ukorijenjene u logoru Kolomna. Skopin-Shuisky opsjedao je Bolotnikovce i počeo granatirati. Car Vasilij pokušao se dogovoriti sa samim Bolotnikovim, obećao je visoki čin, ali vođa pobunjenika odbio je poći u mir. Nakon tri dana topničke vatre, šarolika vojska Bolotnikova nije izdržala i pobjegla je. Dio Kozaka zauzeo se u selu Zaborie, gdje su 2. prosinca pobunjenici ponovno poraženi. Kozaci atamana Bezzubtseva prešli su na stranu Skopina-Šujskog. Car Vasilij im je oprostio. Ostatak zarobljenika odvedenih u bitci ili tijekom leta obješeni su ili omamljeni palicama, utopljeni. Bolotnikov je pobjegao u Serpukhov, a zatim je Kaluga, Ileika Muromets otišla u Tulu.
Tako pobunjenici nikada nisu uspjeli zauzeti glavni grad. U odlučujućoj bitci, bolotnikovci su poraženi od carskih vojvoda, što je olakšano izdajom plemićkih odreda koji su prešli na stranu cara Vasilija Šujskog.
U Kalugi je Bolotnikov okupio oko 10 tisuća ljudi. Opsjedale su ga carske trupe. Međutim, glavni zapovjednik bio je netalentovani brat cara Ivana Šujskog. Kao rezultat toga, opsada Kaluge otegnula se od prosinca 1606. do svibnja 1607. godine. Pobunjenici su se vješto i očajnički branili, odbijali napade, vršili odvažne borbe, nanoseći veliku štetu carskim postrojbama. Carski namjesnici odlučili su spaliti drvenu tvrđavu te su, mobilizirajući okolne seljake, počeli opskrbljivati ogrjev kojim su obložili zidove. Međutim, pobunjenici su pogodili ovaj plan i raznijeli "čišćenje", ubivši i osakativši veliki broj carskih ratnika. U to su vrijeme drugi pobunjenici pokušali deblokirati Kalugu, ali su poraženi. Dakle, odred Mezeckog, kojeg je Shakhovski poslao iz Putivla da spasi Bolotnikova, porazila je vojska Ivana Romanova na rijeci. Vyrke.
Kasnije su se trupe Telyatevskog i Pseudo-Petra pokušale probiti do Bolotnikova. Donski i ukrajinski kozaci porazili su 1. svibnja 1607. carske trupe na rijeci Pchelni. Iskoristivši zabunu među opsadnom vojskom, Bolotnikov je izvršio ispad i pobijedio carske namjesnike, koji su se povukli, napustivši topništvo i vlak za prtljagu. Dio carskih trupa prešao je na stranu pobunjenika. Samo se pukovnija Skopin-Shuisky povukla u savršenom redu. Nakon toga Bolotnikov se preselio u Tulu, gdje je bila moćnija kamena utvrda, i ujedinio se s drugim pobunjeničkim odredima.
Tada je Bolotnikov započeo 2. kampanju protiv Moskve. Međutim, car Vasilij nije sjedio skrštenih ruku. Najavljena je mobilizacija "tribute" ljudi ("tribute" - ratnici pozvani iz mještana i seljačkih zajednica) diljem zemlje, koji su osobno predvodili veliku vojsku koja se formirala u Serpuhovu. Središta ustanka postupno su se rušila. Izgrednike su odvezli iz Nižnjeg Novgoroda. A. Golitsyn je kod Kašire pobijedio Teljatevskog. Pojava nekog nepoznatog Petra umjesto očekivanog "dobrog cara" Dmitrija, koji je izazvao teror protiv protivnika, ohladio mnoge, pobunjeni gradovi su se smirili, donijeli priznanje. U svibnju je carska vojska krenula prema pobunjenicima. U kampanji je sudjelovao sam car, a pojedinim pukovnijama zapovijedali su Mihail Skopin-Šujski, Petar Urusov, Ivan Šujski, Mihail Turenjin, Andrej Golicin, Prokopije Ljapunov i Fjodor Bulgakov.
Bolotnikovci su pokušali zaobići glavne snage carske vojske i otići u Moskvu, ali zaobilazeći Kaširu, pobunjenici su se susreli s bokom carske vojske na rijeci Vosmi. 5.-7. lipnja 1607. dogodila se bitka. Bolotnikovci su imali prednost u snazi - 30-38 tisuća vojnika. Međutim, guverner Tule izdao je Bolotnikova i s 4 tisuće. odred je prešao na stranu carskih trupa. Ryazanski odredi Lyapunova ušli su u pozadinu Bolotnikovljeve vojske. To je izazvalo paniku među Bolotnikovcima i oni su se povukli. Dio Bolotnikovljevih trupa bio je odsječen i zarobljen, zarobljenici su pogubljeni. Nakon bitke kod Vosemska, Bolotnikova je vojska potjerana natrag u Tulu.
Car Vasilij Šujski poslao je nekoliko pukovnija na čelu s Mihailom Skopinom-Šujskim po Bolotnikova. Na periferiji Tule, Bolotnikov se odlučio boriti na rijeci Voronya, pobunjenici su se zatvorili serifima i dugo su odbijali nadiranje carske konjice. Obje su strane pretrpjele velike žrtve. Međutim, strijelci su napravili kružni manevar, Bolotnikovci su se kolebali i potrčali, mnogi su ubijeni tijekom potjere. Bolotnikov je u tim borbama izgubio polovicu svoje vojske - oko 20 tisuća ljudi. S ostatkom se zaključao u Tuli. Tako je Bolotnikov doživio odlučujući poraz i izgubio stratešku inicijativu.
30. lipnja sam je car Vasilij s glavnom vojskom prišao Tuli. Suvremenici su izvijestili da je carska vojska brojala 100-150 tisuća ljudi. Bolotnikov i "Tsarevich Peter" nemaju više od 20 tisuća ljudi. Opsadno oružje počelo je granatirati grad s obje obale. Međutim, Tula je imala moćna utvrđenja, a Bolotnikovu je ostala najučinkovitija jezgra pobunjenika. Stoga su se opsjednuti držali do listopada 1607. godine. U prvim fazama opsade branitelji grada su vršili nalete i hrabro se branili. Svi pokušaji carskih namjesnika da olujno zauzmu grad pokazali su se neuspješnima.
Tada su carske trupe, na ideju muromskog sina bojara Ivana Krovkova, odlučile branom blokirati rijeku Upu ispod grada kako bi Tula bila poplavljena. Na desnoj močvarnoj obali podignuta je brana veličine oko pola milje koja je trebala spriječiti izlijevanje rijeke u nizine tijekom jesenske poplave, ali izazvati nagli porast vodostaja. Doista, jesenska poplava potpuno je odsjekla grad od vanjskog svijeta, pretvorivši ga u močvarni otok usred potpuno poplavljene ravnice. Oštećeno je mnogo streljiva, kao i zalihe žita i soli pohranjeni u podrumima. Ubrzo je u Tuli počela strašna glad i epidemija, što je pogoršalo unutarnja proturječja među pobunjenicima. Pobunjenici su pokušali minirati branu, ali isti Kravkov upozorio je Shuiskyja, ali pokušaj nije uspio.
Bolotnikov je tijekom opsade više puta slao glasnike Mihailu Molčanovu i Grigoriju Šahovskom, ali bez uspjeha. I car Vasilij suočio se s novom prijetnjom. Pojavio se novi varalica - Lažni Dmitrij II., Koji je već uspio zauzeti Severščinu, Brjansk i Verhovsku zemlju. Bolotnikovu su ponuđeni pregovori o uvjetima predaje grada. Shuisky je obećao očuvati slobodu za vođe i sudionike ustanka. Postignuti sporazum zapečaćen je svečanom prisegom, a 10. listopada 1607. Tula je otvorila vrata carskoj vojsci.
Car Vasilij prevario je vođe ustanka. Shuisky je požurio objaviti da se oprost odnosi samo na obične "zatvorenike iz Tule", a ne i na vođe ustanka. Tuljaci su doista pomilovani, pobunjeni plemići sišli su s prognanicima. Šahovski je postrižen za monaha. "Tsarevich Peter" je obješen. Bolotnikov je poslan u Kargopol i potajno se utopio. Mnogi obični pobunjenici poslani su u gradove, a oni koji su završili u Moskvi, bez buke i prašine, bili su zadavljeni.
Tako je moskovska vlada ugasila seljački rat mobilizirajući praktički sve rezerve i terorom reagirajući na teror. Međutim, Shuisky je, nakon što je raspustio veći dio vojske i mislio da se previranjima bliži kraj, pogrešno izračunao. Sve je tek počinjalo. Pojavio se drugi Lažni Dmitrij, kojemu su se pridružili ostaci Bolotnikovita. Poljska se ponovno aktivirala.
