Glavni razlog uhićenja Nikolaja Vavilova bio je sukob s agronomom Trofimom Lysenkom, koji je svoje ideje počeo širiti svim biološkim znanostima.
Narodni povjerenik Beria napisao je 16. srpnja 1939. Molotovu:
„NKVD je razmatrao materijale koji su imenovali Lysenka TD-a za predsjednika Akademije poljoprivrednih znanosti, Vavilov NI i građansku školu takozvane„ formalne genetike “na čijem je čelu organizirao sustavnu kampanju za diskreditaciju Lysenka kao znanstvenika … Stoga tražim vaš pristanak za uhićenje NI Vavilova.
Može se reći da je za sovjetski režim zatvaranje znanstvenika ove veličine bio prilično ozbiljan problem. Zato se vrijeme uhićenja dugo biralo i pomno izračunavalo. Kao rezultat toga, izabrali su kolovoz 1940. - Drugi svjetski rat trajao je gotovo godinu dana (Francuska je pala), a Europljanima više nije bilo do traga za sudbinom sovjetskog biologa. Osim toga, u to je vrijeme Vavilov otišao na ekspediciju u zapadnu Ukrajinu u regiju Chernivtsi. Moramo odati priznanje posebnim službama - sve su radile sasvim tiho, a dugo vremena znanstvena zajednica uopće nije znala gdje se nalazi Nikolaj Vavilov. Mnogi vjeruju da je sama ekspedicija na mnogo načina bila zamka za akademika. Zbog toga je 6. kolovoza 1940. znanstvenik uhićen. I svi su u NKVD -u savršeno dobro razumjeli da će pogubljenje biti kazna.
Počeli su skupljati prljavštinu i izmišljati kazneni postupak protiv Vavilova mnogo prije 1940. godine. Već u ranim tridesetim, od uhićenih agronoma i biologa diljem zemlje, pobijedili su svjedočanstva u kojima je znanstvenik proglašen ideologom skupine odgovorne za organiziranje gladi u zemlji. Tako je šumar V. M. Savich iz Khabarovska pod mučenjem svjedočio protiv lokalnog povjesničara V. K. Arsenyeva, a Vavilov je optužen za prenošenje informacija Japancima. Za neka od tih "priznanja" saznao je i sam znanstvenik. Voditelj odjela krmnih usjeva Sveruskog instituta za biljnu industriju P. P. Zvoryakin uhićen je, a nakon iscrpljujućih ispitivanja i mučenja potpisao je sve što mu se nudilo. Optužbe su prirodno pale na njega i njegove kolege s instituta. Vavilov je, saznavši za to, rekao:
"Ne krivim ga, osjećam veliko žaljenje za njim … pa ipak, svejedno i prijezir …"
Očito je od tog trenutka znanstvenik shvatio da bi u svakom trenutku mogao biti poslan u zatvor po izmišljenoj optužbi-posebne su službe već prikupile dovoljno dokaza koji razotkrivaju njegove "antisovjetske" aktivnosti.
Staljin također nije sebi uskratio razdražljive komentare o Vavilovu. Tako je 1934. na jednom od sastanaka biolog pogriješio i predložio da Sovjetski Savez iskoristi najbolje američko iskustvo u poljoprivredi. Prema Vavilovu, to bi se moglo opravdati. Kao odgovor, Staljin je otvoreno suprotstavio istraživača drugim:
“Vi, profesore, mislite tako. Mi boljševici mislimo drugačije."
Do tada je Staljin bio obaviješten iz OGPU-a o otkrivanju "članova kontrarevolucionarne organizacije u poljoprivredi" u sastavu Nikolaj Vavilov, Nikolaj Tulajkov i Efim Liskun. S ovog popisa samo je potonji uspio izbjeći uhićenje. U prethodnom dijelu materijala o Nikolaju Vavilovu pobliže je opisan odnos između Staljina i znanstvenika.
Unatoč očitoj prijetnji, do uhićenja, Vavilov se nastavio aktivno baviti znanošću. Nekoliko njegovih krilatica ušlo je u povijest:
“Život je kratak, moramo požuriti”, “Radimo i radit ćemo” i “Nema vremena za čekanje dok ne dođe najbolje vrijeme”.
Do 1940. agronom, geograf i genetika Nikolaj Vavilov pokušavao je prikupiti što je moguće više biljnog materijala diljem svijeta radi daljnje aklimatizacije u zemlji. Sovjetski Savez odlikovao se širokim spektrom klimatskih uvjeta koji su zahtijevali opsežan izvorni materijal za uzgojne radove. To je učinjeno samo djelomično.
Valja posebno napomenuti da je Vavilov imao priliku boraviti u inozemstvu i pronaći dostojno mjesto u znanstvenoj svjetskoj eliti. Tako je, na primjer, učinio genetičar Theodosius Dobrzhansky kada je 1931. boravio u Sjedinjenim Državama, što mu je, naravno, spasilo život i postalo svjetski poznati genetičar. Dobrzhansky je radio u skupini dopisnog člana Akademije znanosti SSSR -a, citologa Grigorija Levitskog, koji je također bio pod pritiskom u vezi sa slučajem Vavilov i umro je u zatvorskoj bolnici 1942. godine. Istodobno, mnogi su učenici Levitskog bili potisnuti. Ili uzmite primjer biologa Nikolaja Vladimiroviča Timofejeva-Resovskog, kojeg je akademik Nikolaj Koltsov 1937. odvratio od povratka iz Njemačke u Sovjetski Savez. U to je vrijeme Timofeev-Resovsky vodio odjel za genetiku i biofiziku na Institutu za istraživanje mozga u Buchu u Njemačkoj (predgrađe Berlina). U isto vrijeme, Nikolaj Vavilov predao je svom stranom kolegi notu s upozorenjem o skorom uhićenju po dolasku kući. Sin Timofejeva-Ressovskog u Njemačkoj je bačen u logor zbog antifašističkih aktivnosti, gdje je i umro. Nakon rata za izdaju, biolog je osuđen na 10 godina logora. Nikolaj Koltsov je proganjan u vezi sa slučajem Vavilov i umro je od srčanog udara 1940. godine.
1.700 sati ispitivanja
Akademikova rodbina od jeseni 1940. učinila je sve što je bilo moguće u to vrijeme da bude oslobođena. Vavilovljeva supruga Elena Barulina bila je na recepciji tužitelja SSSR -a Bochkova, ali uzalud. Obitelj uhićenog znanstvenika imala je nevjerojatnu sreću - pozvani su živjeti u selo Ilyinskoye kraj Moskve, gdje je živjela obitelj drugog potisnutog genetičara, profesora Georgija Karpečenka. Vavilovi su napustili Lenjingrad u svibnju 1941., nekoliko mjeseci prije početka blokade grada, u kojoj invalid prve skupine, Elena Barulina, ne bi preživjela. A 28. srpnja 1941. strijeljan je i sam Karpečenko - bivši šef odjela za genetiku Sveruskog instituta biljne industrije i odgovarajućeg odjela Lenjingradskog sveučilišta. Bio je prvi genomski inženjer na svijetu koji je uspio spojiti dvije biljke u jedan organizam - kupus i rotkvicu. Rezultat je hibrid rijedak kupus koji nema analoga u svijetu. Razlog uhićenja i pogubljenja bio je spor sa sljedbenicima Trofima Lysenka. Karpechenko je optužen za kriminalne aktivnosti pod vodstvom Nikolaja Vavilova.
Nakon uhićenja, Vavilov je ispitivan 400 puta, a ukupno trajanje iscrpljujućih ispitivanja doseglo je 1.700 sati. Kao rezultat toga, istražitelji su "otkrili" da je akademik od 1925. bio jedan od vođa organizacije "Radnička seljačka stranka". Zatim se 1930. pridružio određenoj organizaciji desničara koja je svoju subverzivnu djelatnost vodila u gotovo svim institucijama u kojima je bio Vavilov. Ciljevi znanstvenikova rada bili su podrivanje i likvidacija kolektivnog poljoprivrednog sustava kao fenomena, kao i kolaps poljoprivrede zemlje. No, pokazalo se da takve optužbe nisu bile dovoljne za smrtnu kaznu, a tužitelj je dodao još povezanosti s bijelim emigrantskim krugovima u inozemstvu. To je bilo dovoljno jednostavno učiniti, budući da je Vavilov vrlo često odlazio na znanstvena putovanja u inozemstvo, što ga je automatski činilo nepouzdanim. Vrijedno je naglasiti poseban utjecaj Trofima Lysenka na tijek istražnog procesa nad akademikom Vavilovom, na koji mnogi ljudi zaboravljaju. Ozloglašeni istražitelj Khvat, koji se tijekom ispitivanja otvoreno rugao akademiku, 5. svibnja 1941. poslao je načelniku istražne jedinice NKGB -a Vlodzimirskom zahtjev za odobrenje sastava stručnog povjerenstva u slučaju Vavilov. Popis je odobren tek nakon vize Trofima Lysenka …
Osuda na smrtnu kaznu objavljena je 9. srpnja 1941., a mjesec i pol dana kasnije molba za pomilovanje je odbijena. Tijekom suđenja Vavilov je djelomično priznao svoju krivnju, ali je kasnije u izjavi naznačio da će povući svoj iskaz. Dana 12. kolovoza 1940. znanstvenik je o raspletu suđenja rekao:
“Vjerujem da su materijali s kojima raspolaže istraga jednostrani i pogrešno osvjetljavaju moje aktivnosti te su, očito, rezultat neslaganja u znanstvenom i službenom radu s nizom osoba koje su, po mom mišljenju, tendenciozno okarakterizirale moje aktivnosti. Vjerujem da ovo nije ništa drugo do dizanje klevete protiv mene."
Zanimljivo je da je Georgij Karpečenko bio među mnogim ljudima koji su u odsutnosti svjedočili protiv Vavilova. Kasnije se pokazalo da je većina svjedočenja jednostavno izmišljena. Dakle, u slučaju Vavilov postoji dokument od 7. kolovoza 1940. godine u kojem se navodi svjedočenje izvjesnog Muralova, koji je strijeljan kao „neprijatelj naroda“davne 1937. godine.
Unatoč naizgled odlučenoj sudbini akademika, u svibnju 1942. Merkulov je napisao pismo predsjedniku Vrhovnog suda SSSR -a Ulrihu sa zahtjevom za ukidanje smrtne kazne za Nikolaja Vavilova. On tu ideju objašnjava mogućnošću privlačenja znanstvenika na rad od obrambenog značaja. Očito se nije radilo o specifičnim biološkim ili agronomskim istraživanjima - htjeli su znanstvenika uključiti u rad u kampu. U ovom je pismu Merkulov također zatražio ukidanje pogubljenja za akademika i filozofa Luppol Ivana Kapitonovića, koji je zajedno s Vavilovom bio osuđen na smrt u zatvoru u Saratovu. Zbog toga je Luppol dobio 20 godina u logorima i umro 1943. godine.
Vavilov nije zaboravljen u inozemstvu. Dana 23. travnja 1942. izabran je za člana londonskog Kraljevskog društva, a četiri dana kasnije na smrtnu kaznu prijavljeno mu je da je pogubljenje zamijenjeno 20 -godišnjim logorima prisilnog rada. Je li ovaj korak bio nekako povezan s reakcijom Zapada? Bilo kako bilo, 26. siječnja 1943. akademik Nikolaj Vavilov umro je u zatvoru od distrofije ili, prema drugim izvorima, od srčanog udara. Nisam imao hrabrosti pucati …
Do 1945. nitko nije izravno govorio o smrti znanstvenika. Prvi osmrtnici pojavili su se u inozemstvu tek nakon završetka Drugoga svjetskog rata. Jedna od karakterističnih reakcija na takva zlodjela sovjetskog režima bio je izlazak dvojice nobelovaca, Gregoryja Möllera i Henryja Dalea, s Akademije znanosti SSSR -a (1948.). Međutim, u to je vrijeme najzanimljivija stvar u životu "proleterske znanosti" tek počinjala: zvijezda "pravog genija" - Trofim Denisovich Lysenko - uzdigla se na nebeski svod.