Dana 14. kolovoza 1775. godine, dekretom ruske carice Katarine II, Zaporoška seč je konačno ukinuta. Nakon ponovnog ujedinjenja značajnog dijela Male Rusije s ruskom državom 1654. godine, privilegije su proširene na vojsku Zaporožja, što su uživale i druge ruske kozačke trupe. Zaporoški kozaci imali su važnu ulogu. Kozaci su branili južne granice Rusije, imali su istaknutu ulogu u ratovima s Krimskim kanatom i Osmanskim carstvom. Stoga su Kozaci zadržali određenu autonomiju od središnje vlasti. Međutim, Kozaci su sklonili bjegunce koji su se skrivali u Zaporožkoj Siči od progona carskih vlasti. Osim toga, postojala je opasnost od pobune protiv centra, saveza s vanjskim neprijateljima Rusije.
Tako su 1709. koshevojski ataman Kost Gordienko i hetman Mazepa potpisali saveznički sporazum sa švedskim kraljem Karlom XII. Zaporizhzhya Sich pridružila se savezu Mazepe i Karla protiv Rusije. Bilo je nekoliko sukoba između Kozaka i ruskih trupa. Petar daje zapovijed knezu Menšikovu da iz Kijeva premjesti tri pukovnije na Sič pod zapovjedništvom pukovnika Yakovleva kako bi "uništili cijelo gnijezdo pobunjenika". Sič je uništena, a kasnije Petar nije dopustio njezinu obnovu. Kozaci su osnovani na zemljama koje su kontrolirali Turci i krimski Tatari, Kamenskaya (1709-1711) i Aleshkovskaya Sich (1711-1734). Međutim, nisu dugo potrajali.
Godine 1733., kada je, nakon izbijanja rata između Ruskog Carstva i Turske, krimski kan naredio Kozacima iz Aljoškovske seče da idu do ruske granice, generalu Veisbahu (u to je vrijeme bio angažiran na izgradnji ukrajinskog linija tvrđava) uručila Kozacima svjedodžbu u traktu Krasny Kut, 4 vrsta od stare Chertomlytskeya Sich. Kozaci su primili pismo od carice Ane Ioannovne o pomilovanju i prijemu u rusko državljanstvo. Kao rezultat toga, stvorena je Nova (Podpolnenskaya, ili Pidpilnyanskaya) Siča, postojala je do konačnog uništenja Zaporoške Siče 1775. godine.
Nova Sich se jako razlikovala od stare. Postala je ne samo vojni, već i ekonomski, politički organizam. Kozaci su dobili punu samoupravu i zemlju za naseljavanje. Pojavile su se nove strukture - "palanke". To su bile svojevrsne „provincije“Siče u Samari, Miusu, Bugu, Inguletima itd. Svakom palankom upravljali su pukovnik, esaul i službenik, koji su bili podređeni Košu. Zemlja je postala glavni izvor prihoda Kozaka, a ne plaća. U blizini Siča naselili su se "zimski čački" - oženjeni Kozaci, nisu imali pravo glasa u parlamentu, niti pravo biti birani na dužnost i bili su dužni plaćati "dim" u sičansku blagajnu, odnosno vrsta obiteljskog poreza. Osim oženjenih Kozaka, počeli su se tako zvati i vanzemaljci (uglavnom seljaci, siromašni ljudi koji su tražili bolji život), a koji su dolazili iz velikoruskih provincija, desno-obale Ukrajine i turskih posjeda. Nisu se smatrali kozacima, već su bili podanici Siče, opskrbljivali su se hranom i plaćali 1 rublju godišnje. Stanovnici Siča živjeli su od ribolova, lova, stočarstva, poljoprivrede i trgovine. Predradnik je primao prihod od carina na uvoz robe, vlasništvo nad zemljom, pašnjake, ribolov.
Kozaci su se pridržavali samo svojih zakona, za manje stvari sudili su im u palankama, za značajne stvari - na koshevoyu. Počinitelj je mogao biti predan carskim vlastima, no najčešće su i sami bili kažnjavani, sve do smrtne kazne. Sich je brzo postao jedno od cvjetajućih regija Rusije. Palanketi su bili prekriveni selima i farmama.
Međutim, na Siču je bilo i ozbiljnih kontradikcija između predradnika i golota. Dakle, carska je vlada gotovo odmah prekršila obvezu davanja godišnje Siči 20 tisuća rubalja plaće. Već 1738. počeli su davati samo 4-7 tisuća. Ostatak novca naređeno je za plaćanje iz vojnih sredstava, ali su bili prazni. Kao rezultat toga, vlasti su počele varati - "javno" su dale 4 tisuće rubalja, ostatak novca tajno je prebačen predradnicima, poglavarima kurena. Međutim, Kozaci su brzo saznali za to: 1739. godine koshevoy Tukal i starješine srušili su, pretukli i opljačkali njihovu imovinu (koshevoy je bio toliko teško pretučen da je ubrzo umro). U budućnosti su se predradnici nastavili bogatiti. Konkretno, koshevoy Kalnyshevsky je jednom prodao 14 tisuća konja iz svojih stada. Obični kozaci bili su u siromaštvu, sve beneficije išle su u korist predradnika.
Obični kozaci radili su za predradnika, lovili ribu, a razvilo se i "gaidamastvo", odnosno pljačka. U donjem toku Buga su se približile ruska, turska i poljska granica, što se pomoglo sakriti nakon pljačke. 1750 -ih i 1760 -ih Gaidamache je postao prava katastrofa na ovom području. Ljudi su se jednostavno bojali putovati regijom Bug. Pritužbe na kozake pristizale su iz Turske i Poljske. Upute carskih vlasti jednostavno su "spuštale kočnice". Trgovina je bila vrlo isplativa, a u tome su sudjelovali mnogi predradnici i uprava palanke. Kad je 1760. godine, pod pritiskom ruskih vlasti, Koshevoy Beletsky organizirao raciju za hvatanje razbojnika, samo je 40 ljudi uspjelo uhititi. A čak su im i tada kurenski atamani zabranili izdavanje, rastavili ih u kurene i nakon pokajanja pustili. Kad je rusko vojno zapovjedništvo uspostavilo patroliranje granicom s redovitim konjanicima i prigradskim kozacima, počeli su oružani okršaji.
Pojavio se još jedan razlog sukoba između Siče i središnje vlade. U tom razdoblju došlo je do aktivnog razvoja ranije praznih područja Divljeg polja i Kozaci su počeli braniti svoje "zakonite" zemlje. Svoje su tvrdnje utemeljili na lažnom - "kopiji iz pisma Stefana Batorija", koji im je navodno dao zemljište u blizini grada Chigirina, uz Samaru i Južni Bug, lijevu obalu Dnjepra do Sjeverskog Doneca. A budući da su ruski suvereni, počevši od Alekseja Mihajloviča, potvrdili "bivše slobode Zaporožja", sama se riječ "slobode" počela tumačiti u teritorijalnom smislu. Zaporoški kozaci, braneći svoje "zakonite" zemlje, nisu stali na primjeni sile. Spalili su nekoliko novih naselja, rastjerali seljane. Kao rezultat toga, Kozaci su jednostavno postali drski, izazivajući središnju vlast. Međutim, pod Elizabetom i Hetmanom Razumovskim to im je uspjelo.
Za vrijeme Katarine II situacija se promijenila. Ozbiljno se pozabavila poslovima labave Ukrajine. Godine 1763. Hetman Razumovski, koji je nagovijestio nasljedni status svog mjesta, dao je ostavku "svojom voljom". Mali ruski kolegij je obnovljen. Za predsjednika je imenovan general P. A. Rumyantsev. Našao je sliku potpunog kolapsa u Ukrajini. Vojna elita, koja je vladala u ime Razumovskog, potpuno se otela kontroli. Predradnici su se pretvorili u svemoguće plemiće, prave domaće "kneževe". Došli su do točke da su se međusobno borili, osporavali zemlju, naoružavali kozake i seljake. Stanovništvo je bilo izloženo nemilosrdnom iskorištavanju. Obični Kozaci ili su bankrotirali, pretvarajući se u težake, ili su se bavili osobnom poljoprivredom. Dekret iz 1721. o poticanju destilacije kozaka imao je negativan učinak na trupe. Mnogi ljudi su se sami ispili do smrti, drugi su pili svoje zemljišne parcele pijući. Kao rezultat toga, maloruska vojska se razgradila. Rumyantsev nije mogao ni organizirati poštu: bogati nisu htjeli služiti, siromašni nisu imali priliku.
Bilo je potrebno poduzeti mjere za obnavljanje borbenih sposobnosti lokalnih postrojbi.1764. počeli su pretvarati kozačke jedinice u regularne. Od ukrajinskih pukovnija stvoreno je 5 husara: Crni, Žuti, Plavi, Srpski i Ugorski. Osim toga, stvorene su četiri pikinerske pukovnije (Elisavetgradsky, Dneprovsky, Donetsk i Lugansky). Kasnije je stvoreno još nekoliko husarskih pukovnija, a Landmilicija je reorganizirana u pješačke jedinice. Ukratko, Ukrajina je morala izgubiti poseban status i izjednačiti se s ostalim ruskim pokrajinama. Sjedenje u tim planovima bila je ozbiljna prepreka.
Pažnju je privukla i "država u državi" - Zaporoška seč. Kosh je 1764. bio podređen Maloruskom kolegiju. Uprava Zaporožja zaslužna je za to što više nije održavala izbore. Kozaci su bili ogorčeni i, suprotno uputama, održali su nove izbore, izabravši Kalniševskog za koshevskog. Novi koshevoy otišao je u Sankt Peterburg bez dopuštenja kako bi zahtijevao izravno podređivanje inozemnog kolegija i pokrenuo pitanje "legalnih" Zaporoških zemalja. Rumyantsev je predložio carici da uhiti delegate. Napravljen je nacrt reforme Siče. Međutim, Catherine nije poduzela teške mjere, približavao se novi rat s Turskom, nisu htjeli zakomplicirati situaciju na jugu. Carica je ljubazno primila izaslanstvo. To je nadahnulo Kozake, vrativši se na Sič počeli su se hvaliti da su "uplašili" vladu.
Godine 1767. zaprimljen je otkaz da su se Koshevoy Kalnyshevsky i službenik Ivan Globa dogovorili o ulasku u pregovore s turskim sultanom ako vlada ne ispuni njihove zahtjeve. Katarina je ostavila otkaz bez posljedica, ali sudbina Siče već je bila unaprijed dogovorena. Rješenje problema samo je odgođeno do kraja rata s Osmanskim Carstvom.
Vodstvo Siče pogoršalo je svoj nesigurni položaj. To nije samo izazvalo ruske vlasti, već je i stupilo u kontakt s Krimom i Turskom. Uoči rata, Kozaci su dobili pisma iz Bakhchisaraija i Istanbula, u kojima su bili u iskušenju s mogućnošću prelaska u službu Turske, obećavajući trostruku plaću. Francuski izaslanik Totleben posjetio je Sič u ime sultana. Kalniševski je odbio Turke, ali nije prekinuo dopisivanje. Osim toga, dopustio je Totlebenu da razgovara s Kozacima i nije ga izdao Rumyantsevu. Među kozačkom masom počela je zbrka. Kad su u prosincu 1768. Kozaci dobili upute da započnu rat s Turskom, pobunili su se. Kalnyshevsky je morao ne samo ugušiti pobunu, već je zatražio pomoć od ruskog garnizona iz Novosečenkog. Nemiri su se nastavili nekoliko mjeseci, Kozaci su napustili granice, a Tatari su u siječnju 1769. probili Ukrajinu.
U rusko-turskom ratu 1768-1774. Sudjelovalo je 10 tisuća Kozaka (još oko 4 tisuće ostalo je na teritoriju Siče). U ratu su pokazali visoke borbene kvalitete, istaknuli se u izviđanju i prepadima te su igrali važnu ulogu u bitkama kod Large i Cahula. Pobjeda u ovom ratu bila je još jedan razlog za eliminaciju Zaporoške vojske. Sklapanjem sporazuma Kuchuk-Kainardzhiyskiy Rusko Carstvo dobilo je izlaz na Crno more, stvorena je Dnjeparska obrambena linija, Krimski kanat bio je pred uništenjem. Drugi povijesni neprijatelj Rusije, katolička Poljska, izgubio je moć, a 1772. dogodila se njezina prva podjela. Zaporoški kozaci izgubili su svoju ulogu branitelja južnih granica.
U svibnju 1775. korpus generala Petra Tekelija premješten je na Sič. Operacija je bila bez krvi. Starješine su, shvativši da je otpor besmislen, zajedno sa svećenicima smirili obične Kozake. Ukazom Katarine Zaporoška Seč je ukinuta. Obični kozaci nisu bili progonjeni. Neki su ostali u Ukrajini i nastanili se po selima i gradovima. Neki od zapovjednika dobili su časničke činove, predradnici su postali plemići. Samo su tri kozaka - Kalniševski, vojni sudac Pavel Golovaty i službenik Globa osuđeni pod optužbom za izdaju i prognani u samostane. Kalnyshevsky je živio u Soloveckom samostanu do 112. godine, a umro je 1803. godine uzevši monaško dostojanstvo.
Dio Kozaka otišao je na Dunav pod vlašću turskog sultana i stvorena je Poddunavska Sič. 1828. transdunavski kozaci prešli su na stranu ruske vojske i osobno ih je pomilovao car Nikola I. Od njih je stvorena azovska kozačka vojska. U Rusiji, tijekom rata s Turskom, Aleksandar Suvorov 1787-1788. od Kozaka bivše Siče i njihovih potomaka organizirao je "Vojsku odanih Zaporožana". Godine 1790. pretvorena je u crnomorsku kozačku vojsku, a zatim je dobila teritorij lijeve obale Kuban. Kozaci su aktivno sudjelovali u Kavkaskom ratu i drugim ratovima Ruskog Carstva.
